如何使用蛋白质互作网络PPI经典在线工具STRING

随着不做实验写文章的生信技术越来越火，大家都想进一步了解一下如何才能快速上车。这里，针对生信分析中蛋白质互作网络这块，对最经典的STRING数据库进行教程介绍，希望能为大家的文章中添砖加瓦。

绝大部分的纯生物信息学分析在文章写作中都存在数据量充实的问题。往往单纯的进行基因表达的比较得到的差异基因分析只是一篇文章的最开始的内容。掌握它是远远不够投稿文章的要求。需要进一步对这些基因进行分析。

而蛋白质互作网络分析则是目前最为流行的，用来充实生物信息学分析写作的不可替代的一环。所以，掌握STRING使用，非常有价值。

废话不多说，下面是教程：

1. 准备数据。首先你得有一个基因list。

这个基因list可以来自你的差异基因分析，可以来自你的上下游基因目标，可以来自你的质谱分析结果。都行。

2. 选择multiple proteins，将基因list复制粘贴，选择homo sapien。

3. 到了下一页是具体筛选你的输入基因名称对应的蛋白质名称，绝大部分是能对应的，当然，还是需要一个一个再核对一遍。

4. 然后下一步，看到了这个基因list的蛋白质互作网络的初步结果显现了。

这个时候可以再具体分析一下整个网络的性质和特点，看看哪些互作关系是基于experiments，哪些是concorrence的。

5. 进一步，可以看看你最关心的蛋白的周围关系和点的颜色。

或者再调整一下预设的网络指标，比如提高或者降低可信区间等。

6. 然后，STRING也可以针对给出的基因做一些非常完整的基因学注释，比如KEGG和GO分析。所以是非常方便的。不过这个基因list展示没有显著意义的KEGG和GO。

7. 接下来就是数据的导出。如果你觉得这个STRING的图满意，你就直接导出PNG格式，是可以使用在文稿中的。或者，你也可以导出成txt格式。

另外再进入cytoscape进行可视化的美化工作。

8. 当然， 对这个网络还可以进行亚组分析，不过这个功能使用比较少。

现在，针对STRING的操作就基本结束了。

是不是手头痒痒了，想用自己手头的基因list来试一试？

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