实用的在线生信工具汇总（三）
这是本系列的最后一期了，继续给大家介绍几个实用的生信小工具。
1. WebLogo 3 (http://weblogo.threeplusone.com/)
我们阅读文献时肯定看到过下面这种图，它叫序列标识图（Sequence logo），是基于多序列比对的序列保守性可视化图形。图片的你一定好奇这种漂亮的图怎么画的吧，其实用上面的工具就能很容易地做出来。
打开上面的网址，先看一下WebLogo的主界面，在简介中可以看到这是一个专门做Sequence logo的在线工具，目前已经有超过7000篇文章使用。下面简单介绍使用方法。
点击creat进入作图界面，在输入框中输入数据（注意为fasta格式文件），修改作图参数（通常选择默认参数即可），点击creat weblogo按钮即可生成图片，如下图所示。
2. GSDS 2.0 (http://gsds.cbi.pku.edu.cn/)
这个网站的全称是Gene Structure Dispaly Server，是一款绘制基因结构的工具，即用图片的形式展示基因外显子、内含子和UTR的具体位置，还可以绘制进化树-基因结构图，展现基因结构与系统进化关系。（网站是北大罗静初老师实验室做的，再次对罗老师表示感谢！）下面简单介绍用法。
首先介绍一下网站支持的4种数据输入格式：
(1) BED: 一共五列数据，第一列是基因ID，第二三列分别是基因起始和结束位置，第四列是注释信息，第五列是可选列可以不要。通常来源于基因组注释文件GFF；
(2) GenBank Accession Number/GI: NCBI的GenBank中的基因登录号，注意包含mRNA序列；
(3) GTF/GFF3: GFF全称为general feature format，这种格式主要是用来注释基因组。GTF全称为gene transfer format，主要是用来对基因进行注释。用户可以在Ensemble，NCBI和UCSC等数据库中下载基因组的GFF文件，筛选出你的基因注释信息；
(4) Sequence (FASTA): 第一个框中输入基因的CDS序列，第二个框中输入基因的完整序列。
网站的用法很简单，直接输入数据，在Other Feature一栏输入基因的其他信息，如motif或者domain以及位置信息，在output (phylogenetic tree)一栏输入构建进化树时的nwk文件（Other Feature和进化树都是非必选的）。点击submit就能生成图片。图片界面可以更改基因各部分颜色，进化树线条性状和宽度等参数，能保存成PVG、PNG和PDF三种格式。
3. PlantRegMap (http://plantregmap.cbi.pku.edu.cn/)
转录因子是一群能与基因5`端上游特定序列专一性结合，从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子。对于植物来说，其生长发育过程都受到多种转录因子的调控作用。我们在实验中往往需要对转录因子的结合位点进行预测，分析转录因子的调控网络等。上面的网站就是一个植物转录因子的百科全书，整合了植物转录因子数据库PlantTFDB (又是罗静初老师做的网站！)、拟南芥转录调控数据库ATRM等多个数据库，下面只重点介绍其中几个工具。
(1) 转录因子预测
输入核酸或蛋白序列(fasta格式，这里以拟南芥为例)，网站会对序列是否是转录因子做出预测，并给出属于那儿转录因子家族。
(2) 转录因子结合位点预测
选择物种后，输入相应转录因子基因的启动子序列，网站会对该序列中转录因子结合位点做出预测。结果中包含Motif序列，转录因子所属家族，和统计上的p-value以及q-value等信息。
(3) 转录因子富集分析
选择物种，输入物种名，method通常默认选择motif，输入一组基因的ID，选择默认的p-value < 0.05就可以预测有哪些转录因子能结合到输入的基因上。
(4) 调控网络预测
该功能是上面(2)和(3)的结合，能预测转录因子与输入基因的调控关系。使用方法与上面类似，选择物种和输入方式，输入一组基因的启动子或基因全长序列，就可以预测调控这些基因的转录因子做出预测，并给出转录因子的富集信息。这些富集到的转录因子往往正是我们需要的调控因子。
当然，该网站的功能其实远远不止这些，小编在这里只是抛砖引玉，读者可根据需要自行尝试。
结语
关于生信在线工具的推送一共做了3期，由于小编自身专业的限制多数网站是跟植物有关，但也不乏像本期的WebLogo和GSDS这种生物领域可以通用的工具，真心希望能够帮到大家。当然，好的生信网站其实还有很多，如果大家后续还有需要，小编将把这个系列继续做下去。也欢迎投必得的读者们也能共享自己平常科研和实验中实用的各种资源，谢谢大家！
