实用的在线生信工具汇总（二）

1. GWAS Atalas (https://bigd.big.ac.cn/gwas/)

全基因组关联分析（GWAS）是科研领域近几年一直很火的名词，也发了很多高水平的论文。这个数据库是中科院基因组所大数据中心开发的GWAS整合数据库，包括水稻、玉米、高粱、棉花、大豆、油菜、杏等7种重要农作物和山羊、猪两种动物的GWAS数据。若你的研究课题与上述物种的分子育种、遗传分析、基因克隆相关，可以试试能否从这个数据库中找到有用信息。（好吧，这段话是来自北大罗静初老师的邮件，在此表示万分感谢！）下面还是简单看一下这个数据库的内容。

例如我们要查找已发表的水稻粒长相关的GWAS数据，在搜索栏中输入物种和性状grain length，点击search，可以看到出现3个粒长相关的信息，点击第一个，就出现目前已发表的所有水稻粒长相关的GWAS数据。有标记位置，p-value，定位到的基因和变异类型等丰富的信息，真的很好用！

2. Gcorn plant(http://www.plant.osakafu-u.ac.jp/~kagiana/gcorn/p/)

<本段内容转载自“古奥基因”公众号>

这是前不久刚刚发表在Plant Physiology上的一篇文章，公布了一个非常实用的数据库，只需要输入基因名字，一步即可获得很多植物的同源基因。 

目前Gcorn plant数据库已经包括62种陆生植物和11种绿藻的基因组信息，共包含2,785,715条序列，并且给出了不同物种同源基因的进化树，和基因数目的折线图，下面举例说明数据库的使用方法。

以拟南芥基因AT2G37040为例，选择物种Arabidopsis thaliana，输入基因号，点击Go，进入基因列表，再选择自己的目标基因，点击Go，即可获得结果。

结果包括4部分，分别如下：

（1）不同物种同源基因进化树，且能一键导出这些基因的蛋白序列。

（2）目标基因的基因群系谱图，结果表明在直系同源事件发生时，基因和物种的数量减少；而旁系同源发生时，基因和物种的数量不变。

（3）物种间的网络图，表示种与种之间的关系，蓝色节点表示含有与目标基因同源的基因的物种，结果表明与拟南芥同源关系相近物种大多为十字花科。

（4）不同物种间的进化树，结果同样表明与目标基因高度同源的基因只出现在十字花科中。 

3. qPrimerDB (https://biodb.swu.edu.cn/qprimerdb/)

实时定量PCR (qrt-PCR)能用来检测特定基因的表达量，做过这个实验的同学肯定知道qrt-PCR的引物特异性十分重要，甚至能直接影响最终结果。其实有一个专门的qrt-PCR引物数据库，不仅不用自己设计，还能批量生产。下面就让我们一起看一下这个神奇的数据库吧。

在首页中我们可以看到这是一个专门存放qrt-PCR引物的数据库，目前已包含516个物种，可以说完全能满足我们的实验需求了。操作也异常方便，先选择物种（这里以拟南芥为例），再输入基因ID（最最方便的是可以同时输入多个基因！），点击搜索按钮即可获得这些基因的qrt-PCR引物。结果包含引物序列，扩增产物长度，引物GC含量和Tm值等信息，简直不要太方便有木有！ 

好了，最后总结一下，今天给大家介绍了3个数据库，分别是1. GWAS数据库，2. 植物同源基因数据库和3. qrt-PCR引物数据库，喜欢的小伙伴赶紧添加到收藏夹吧，有问题的话欢迎文后留言哦！